L’histoire de Goux-les-Usiers se confond avec celle du Val d’Usiers. Les origines du village sont liées à la légende de St Valère, archidiacre de Langres, fuyant les vandales et se réfugiant dans le Jura, suggérant la construction d’une église dans le Val, dès le haut moyen-âge.
Au 12 ème siècle, la région passe à la maison de Joux, et au 13 ème siècle la Seigneurie d’Usier est créée par Henri de Joux pour son fils Hugues. Le village de Goux est alors cité dans les textes avec les 2 autres villages de Bians et Sombacour.
Les relations entre les villages sont conflictuelles et le désir d’autonomie féodale des communautés aboutit à l’établissement de traités de délimitation des terres et de partages des communaux entre les 3 villages du Val en 1717.
D’après des documents de 1279, Goux apparaît comme l’un des pôles de peuplement du Val. Entre 1688 et 1790, la population double et atteint 472 habitants à la fin du 18 ème siècle. Le maximum démographique est atteint en 1866 avec 816 habitants.
La polyculture constitue d’abord l’activité principale des Romés (nom des habitants de Goux), mais l’élevage se développe progressivement. Au 20ème siècle, le passage du tacot dans la commune ouvre cette dernière sur l’extérieur.